Dunggoanan ang Pelabuhan Waingapu sa Indonesya. Nahimutang ni sa lalawigan sa Provinsi Nusa Tenggara Timur, sa habagatang bahin sa nasod, 1,500 km sa sidlakan sa Jakarta ang ulohan sa nasod. 1 metros ibabaw sa dagat kahaboga ang nahimutangan sa Pelabuhan Waingapu. Ang Pelabuhan Waingapu nahimutang sa pulo sa Pulau Sumba. Ang kinahabogang dapit sa palibot dunay gihabogon nga 477 ka metro ug 6.9 km sa kasadpan sa Pelabuhan Waingapu. Ang kinadul-ang mas dakong lungsod mao ang Waingapu, 2.0 km sa habagatan-sidlakan sa Pelabuhan Waingapu.